Bilişsel çarpıtmalar şema teorisi çerçevesinde ele alındığında, Aaron Beck'in 1960'larda depresyon araştırmalarından türettiği kavramsal çerçeve, psikopatolojinin anlayışında köklü bir paradigma dönüşümüne işaret eder. Bilişsel çarpıtma kavramı, bilginin sistematik biçimde çarpıtılarak işlenmesi sürecini tanımlar; bu çarpıtmalar gözlemlenebilir otomatik düşünceler aracılığıyla klinik tabloya yansır. Bilişsel çarpıtmalar şema teorisi ilişkisinde şema kavramı merkezi öneme sahiptir. Beck'in kavramsallaştırmasında şemalar, dünya, kendilik ve gelecek hakkındaki bilgiyi organize eden derin bilişsel yapılardır. Bu yapılar, yaşamın erken dönemlerinde edinilen deneyimlerle biçimlenir ve kişinin çevresini yorumlama biçimini filtreler nitelikte işlev görür. Young'ın şema terapisi, bu kökensel yapıları erken dönem uyumsuz şemalar olarak tanımlamış ve on sekiz ayrı şema alanını kavramsallaştırmıştır. Klinik pratikte en sık karşılaşılan bilişsel çarpıtmalar arasında aşırı genelleme, seçici soyutlama, felakete büyütme (magnification), kişiselleştirme ve ya hep ya hiç düşüncesi yer alır. Bu çarpıtmaların fenomenolojik tanımlanması tedavinin ilk aşamasını oluştururken mekanizmaların anlaşılması ikinci aşamayı belirler. Örneğin aşırı genelleme, tek bir olaydan evrensel bir sonuç çıkarma örüntüsüne karşılık gelir ve olumsuz kendilik şemalarıyla güçlü bir etkileşim içindedir. Bilişsel Davranışçı Terapi protokolleri, bu çarpıtmaların sokratik sorgulama ve davranışsal deney yöntemleriyle test edilmesine dayanır. Düşünce kaydı tekniği, otomatik düşüncelerden ara inançlara ve oradan temel inançlara uzanan bilişsel üçgen içinde sistematik bir çalışma zemini sunar. Şema teorisi ise bu standart BDT protokolünü derinleştirerek çarpıtmaların altında yatan kökensel yapıların yeniden işlenmesini hedefler. Araştırma bulguları, bilişsel çarpıtmaların yalnızca depresyona özgü olmadığını ortaya koymaktadır. Anksiyete bozukluklarında tehdit şemaları, obsesif kompulsif bozuklukta sorumluluk şişirilmesi, kişilik bozukluklarında ise daha katı ve yaygın şema ağları gözlemlenebilmektedir. Bu çakışan bulgular, çarpıtmaların boyutsal psikopatoloji anlayışındaki tanılar ötesi konumunu güçlendirmektedir.