Bağış etkinliği araştırması, bir müdahalenin hedef kitlede gözlemlenen değişikliği gerçekten üretip üretmediğini ya da bu değişikliğin başka etkenlerden kaynaklanıp kaynaklanmadığını sorgular. Bu nedensellik sorusu, etki değerlendirmenin (impact evaluation) metodolojik kalbini oluşturur ve savunuculuk bağlamında en kritik hesap verebilirlik meselesidir. Bağış etkinliği araştırması bağlamında nedensellik kanıtının altın standardı randomize kontrollü deneydir (RCT). Müdahale ve kontrol gruplarının rastgele atanması, gözlemlenemeyen karıştırıcı faktörleri her iki grup arasında eşit dağıtarak ortalama tedavi etkisinin (ATE) saf biçimde tahmin edilmesine olanak tanır. Ancak RCT, etik kısıtlamalar ve operasyonel maliyet nedeniyle tüm gönüllülük ve insani yardım bağlamlarında uygulanamaz. Bağış etkinliği araştırması metodolojisindeki yarı-deneysel alternatifler bu boşluğu kısmen doldurur. Fark-içi-farklar (difference-in-differences) tasarımı, müdahale öncesi ve sonrası iki grubun trend farkını karşılaştırır; paralel trend varsayımı sağlandığında güçlü nedensellik kanıtı üretebilir. Regresyon süreksizliği (RD) tasarımı ise müdahaleye uygunluk eşiği yakınındaki gözlemleri karşılaştırarak lokal ortalama tedavi etkisini tahmin eder. Meta-analiz düzeyinde bağış etkinliği araştırması metodoloji sorunları daha da belirginleşir: Yayın yanlılığı (publication bias), yalnızca olumlu sonuçların literatüre girmesine yol açarak tahmin edilen ortalama etkileri yukarı doğru çeker. Önceden kayıt (pre-registration) ve negatif sonuçların yayımlanmasını teşvik eden editöryal politikalar bu sapmanın düzeltilmesine katkı sağlar. Bağışçılar ve fon ajansları, etkinlik kanıtını talep ederken bu metodolojik nüansları değerlendirme kapasitesini de kazanmak durumundadır.