Venture capital fon yapısı, girişim ekosisteminin finansal iskeletini oluşturan ve sıklıkla yanlış anlaşılan bir mekanizmalar bütünüdür. Yapının doğru kavranması, hem yatırım arayan girişimciler hem de fon yöneticiliğini değerlendiren profesyoneller için önemlidir. Venture capital fon yapısı temelinde limited ortaklık (limited partnership) modelini kullanır. Bu modelde iki taraf bulunur: Limited partners (LP'ler) fonun sermayesini sağlayan pasif yatırımcılar, üniversite vakıfları (endowments), emeklilik fonları, aile ofisleri, yüksek net değerli bireyler, ; general partners (GP'ler) ise fonun aktif yöneticileri ve yatırım kararlarını alan taraftır. Bu ayrım hem sorumluluk hem de getiri yapısı açısından belirleyicidir. GP'ler tipik olarak yönetim ücreti (management fee) ve taşınan faiz (carried interest) olmak üzere iki temel gelir kaynağına sahiptir. Yönetim ücreti yatırılan sermayenin yüzde 2'si civarındadır ve fonun işletme giderlerini karşılar. Taşınan faiz, genellikle yüzde 20, fonun toplam getirilerinden hurdle rate'i aşan kısım üzerinden GP'e düşen pay olup gerçek ekonomik teşviki oluşturur. Bu yapı, GP'nin kısa vadeli ücret optimizasyonu yerine uzun vadeli portföy başarısını öncelemesini teşvik etmek üzere tasarlanmıştır; ancak pratikte çeşitli teşvik uyumsuzluklarını da barındırır. Fon ömrü genellikle 10 yıl olup yatırım dönemi (deployment period, ilk 3-5 yıl) ve hasat dönemi (harvest period, son 5-7 yıl) olarak ayrışır. Bu yapı, LP'lerin sermayesini ne zaman geri alabileceklerine ilişkin beklenti yönetiminin kilit değişkenidir. GP'ler için ise portföy şirketlerini hasat döneminde IPO, birleşme veya ikincil satış yoluyla gerçekleştirme baskısı yatırım kararlarını etkiler. J-eğrisi (J-curve) olgusu, venture capital fon yapısının yatırımcı ilişkileri boyutunda kritik bir kavramdır. Fonun erken yıllarında yönetim ücretleri ve ilk yatırım kayıpları net değer negatife çekeceğinden LP'ler başlangıçta negatif getiri görür; bu durum fon değerleme analizlerini yaşa göre normalize etmeyi zorunlu kılar.