Panofsky ikonoloji yöntemi, görsel anlam üretimini üç kademeli bir hiyerarşi içinde sistematik biçimde çözümler. Bu şema, art tarihçinin analitik sürecini tutarlı bir çerçeveye oturtur ve yorumun her aşamasının hangi tür bilgiye başvurduğunu açıkça ortaya koyar. Birinci katman ön-ikonografik betimleme (pre-iconographical description), saflıkla algılanan biçimleri ve bunların pratik anlamlarını saptamayı kapsar. Nesne, jestleri ve mekânsal ilişkileri gündelik yaşam deneyimiyle tanınan şeyler olarak kaydetmek bu aşamaya özgüdür. Panofsky ikonoloji çerçevesinde bu katmanda yorumcu kültürel öön-koşulsuz bir bakışı mümkün olduğunca sürdürmeye çalışır; ancak tümüyle saf bir görme olanağı yanılsamasıdır ve eleştirel sanat tarihçileri bu noktayı sıklıkla vurgular. İkonografik analiz (ikinci katman), görüntülerin temaları, hikâyeleri, alegorik anlamları ortaya çıkarır; bunun için ikonografik el kitapları, mitoloji ve edebiyat metinleri başvuru kaynağı olarak devreye girer. Bu aşamada Panofsky ikonoloji yönteminin gerektirdiği kültürel kalitenin sınırları belirginleşir: analistin hangi dini, mitolojik ve edebi repertuvara hâkim olduğu yorumun derinliğini doğrudan belirler. İkonoloji (üçüncü katman) ise eserin 'içsel anlamını', toplumun, milletin veya dönemin temel eğilimlerini, görsel simgeler aracılığıyla nasıl yansıttığını kavramaya çalışır. Bu aşamada belgelerin yanı sıra Geistesgeschichte ve sosyokültürel sentez devreye girer. Eleştirmenler bu katmanın aşırı totalizasyon riski taşıdığını öne sürmüştür: Panofsky ikonoloji şemasının dönem ruhunu sanat eserinden çıkarmak için kullandığı tümevarımsal strateji döngüselliğe açık kapı bırakır. Michael Baxandall'ın 'dönem gözü' (period eye) kavramı bu riski yönetmek için önerilmiş sosyal tarih ağırlıklı bir alternatif çerçevedir.