Duygu düzenleme amigdala ilişkisi, nörobilimdeki en yoğun araştırma alanlarından birini oluşturur. Amigdala, özelde bazolateral kompleks (BLA) ve santral amigdala (CeA), tehdit algısı, duygusal öğrenme ve otonom arousal tepkilerini koordine eden bir yapıdır. Sistematik duygu düzenleme pratiği, bu yapının kortikal bölgelerle kurduğu bağlantı mimarisini doğrudan etkiler. Amigdalanın prefrontal korteks (PFC) ile iki yönlü bağlantısı, top-down duygu düzenleme mekanizmasının anatomik temelidir. Ventromedial PFC (vmPFC) ve orbitofrontal korteks (OFC), amigdala aktivasyonunu inhibe eden projeksiyon liflerine sahiptir. fMRI çalışmaları, yeniden değerlendirme (cognitive reappraisal) stratejisini uygulayan katılımcılarda amigdala aktivasyonunun azaldığını ve vmPFC-amigdala bağlantı gücünün bu azalmayla ilişkilendiğini tutarlı biçimde gösterir. Duygu düzenleme amigdala etkileşiminde zaman parametresi kritik bir değişkendir. Amigdala, kortikal değerlendirmeden önce yalnızca 12-14 milisaniye içinde duygusal uyaranlara tepki verebilir; bu durum Ledoux'nun "alt yol" (low road) kavramsallaştırmasıyla örtüşür. Prefrontal müdahale bu erken aktivasyonu bastırabilirse de müdahalenin etkinliği, stresin amigdala-PFC bağlantısına getirdiği yüke göre değişir. Nöroplastisite açısından değerlendirildiğinde, uzun süreli meditasyon ve Mindfulness-Based Stress Reduction (MBSR) programlarına katılımın amigdala hacmi ile reaktivitesi üzerinde ölçülebilir değişiklikler yarattığı bildirilmektedir. Lazar ve ekibinin çalışmaları, uzun süreli meditasyon uygulayıcılarında sağ amigdala gri madde yoğunluğunun, deneyim süresine bağlı olarak farklılaştığını ortaya koyar. Bu bulgular dikkatle yorumlanmalıdır: Yatay kesit tasarımları nedensel çıkarımı kısıtlar. Yüksek kaygı ve PTSD bağlamında amigdala hiperaktivitesi, duygu düzenleme açığının nöral imzasıdır. Travma sonrası stres bozukluğunda amigdala tepkisi taban çizgisi (baseline) yüksektir ve normalde inhibitör olan vmPFC-amigdala bağlantısının zayıfladığı görülür. Prolonged Exposure ve EMDR gibi kanıta dayalı müdahaleler, bu bağlantıyı yeniden kalibre etmeye yönelik mekanizmalar üzerinden işlev görür. Bilişsel açıdan duygu düzenleme amigdala sistemine erişmek için en kanıta dayalı stratejiler şunlardır: bilişsel yeniden değerlendirme (duygusal anlamı yeniden çerçevelemek), dikkat yeniden yönlendirme (attention deployment) ve tepki modülasyonu (fiziksel arousal yönetimi). Bu stratejilerin nöral temelleri farklıdır; yeniden değerlendirme özellikle lateral PFC ve vmPFC aktivasyonuyla ilişkilendirilirken dikkat yeniden yönlendirme anterior singulat korteksi daha yoğun aktive eder. Uygulama açısından bu bulgular, duygu düzenleme becerilerinin geliştirilmesi için strateji seçiminde önem taşır: Yüksek arousal durumlarında kortikal kapasite azaldığından, düşük yük gerektiren biyolojik temeli olan teknikler (diyafragmatik solunum, soğuk su uygulamaları, ritimik hareket) amigdala tepkisini daha kısa sürede düzenleyebilir; bilişsel stratejiler ise arousal normalleştikten sonra daha etkin biçimde uygulanabilir.