Anime uyarlama sorunları, uzun soluklu bir manga veya light novel serisinin anime formatına aktarılmasında dönem dönem tartışma yaratır. Hayran kitlesinin kıyaslamalarında "anime mangayı mahvetti" veya "anime orijinalden çok daha iyi" yorumlarının her ikisi de sık rastlanır; fakat hangi dinamikler bu uyarlama kararlarını şekillendirir? Anime uyarlama sorunlarının yapısal kaynağı bütçe ve süre kısıtıdır. Bir anime sezonu genellikle on iki ila yirmi dört bölümden oluşur. Uzun bir manga serisi çok daha fazla içerik içerir. Bu uçurum "filler" (dolgu) bölümlere, hız kesmelerine veya orijinal sonu mekanizmasına yol açar. Orijinal son özellikle tartışmalıdır: devam eden bir kaynağın bitmeden anime uyarlamasının gelmesi, yapımcıları orijinal bir sonuç üretmek zorunda bırakır ve bu sonuç hayranlar tarafından genellikle zayıf bulunur. Anime uyarlama sorunlarının ikinci kaynağı karakter sadakatidir. Diyalog, tonlama, sahneleme ve karakter psikolojisi yazılı formattan görsel formata taşınırken yorumlanır. Bu yorumlama her zaman orijinale sadık kalmaz. Bazı karakterlerin iç sesi kaybedilir; mizansen zamanlaması değişir; bazı sahneler bağlamından kopuk görünür. Öte yandan anime uyarlama sorunları bazen aşıldığında ortaya olağanüstü işler çıkmıştır. Görselliğin, sesin ve hareketin bir araya gelmesi yazılı formatta mümkün olmayan bir anlatı gücü yaratabilir. Bazı uyarlamalar kaynak materyali yeniden keşfettirir; bazıları materyalin ruhunu koruyarak ona yeni bir katman ekler. Uyarlamayı kaynak materyalin kopyası olarak değerlendirmek yerine, kendi koşulları içinde ayrı bir yapıt olarak değerlendirmek daha dengeli bir yaklaşım sunar.