Akademik çeviri terminoloji sorunları, disiplinin sınır bölgelerinde çalışan metinlerde en keskin biçimde gün yüzüne çıkar. Bilişsel sinirbilim, sosyobiyoloji ya da çevresel ekonomi gibi alanlar, kendi içlerinde henüz stabilize olmamış terminolojiyi farklı disiplinlerden ödünç alarak kullanır. Bu durum, çevirmenin yalnızca hedef dildeki karşılıkları değil, kaynak disiplinin terminolojisini de kayıt altına almasını zorunlu kılar. Akademik metin çevirisinde en yaygın terminoloji sorunu, görünürde eşdeğer görünen terimlerin disipline özgü anlam kaymasına uğramasıdır. Sosyal bilimlerde "agency" kavramı, hem felsefede hem sosyolojide hem de hukuk alanında birbirine yakın ama belirgin biçimde farklı yüklerle kullanılır; çevirmen hangi disiplin normuna göre aktarım yapacağını net biçimde belirlemelidir. Disiplinlerarası metinlerde akademik çeviri terminoloji kararları için yazar ile diyalog kurabilmek kritik avantaj sağlar. Özellikle yazarın teknik terimleri kasıtlı olarak başka bir disiplinden devşirip dönüştürdüğü durumlarda, bu tercih hedef dilde de korunmalıdır. Aksi halde terminolojik düzleştirme, metnin epistemolojik savını zayıflatır. Bir diğer önemli sorun kaynak alanda yerleşmiş terminoloji eksikliğidir: Bazı alanlar, kaynağa kıyasla hedef dilde yeterince gelişmemiş teknik sözlüğe sahiptir. Bu boşluğu doldurmak için çevirmen ya ödünçleme yoluyla kaynak terimi korur ya da hedef dilde üretilmiş türev bir terim önerir. Her iki seçeneğin de okuyucu kitlesi ve yayınevinin terminoloji politikasıyla uyumlu olması gerekir. Dipnotlar ve terminoloji sözlükleri bu süreçteki şeffaflık aracının temel unsurlarıdır.