Tek sayfa web sitesi SEO açısından değerlendirildiğinde, görsel açıdan etkileyici olan bu format, arama motoru optimizasyonu söz konusu olduğunda ciddi kısıtlar içeriyor. Tasarımcılar bunu anlatmakta bazen zorlanıyor; müşteriler ise çoğu zaman tek sayfa siteyi modern ve şık bulup ısrar ediyor. Tek sayfa web sitesi SEO sorunlarının başında URL yapısı geliyor. SEO'nun temel mekanizmalarından biri, her içerik biriminin kendine özgü bir URL'ye sahip olması. Tek sayfalık yapıda bölümler arasında gezinme anchor-link ile yapılıyor; ayrı URL yok. Bu, her bölümün bağımsız olarak arama sonuçlarında yer almasını imkânsız kılıyor. İkincisi: İçerik derinliği. Birden fazla konuyu tek sayfaya sığdırmak zorunda kalan siteler, her konuya yetersiz yer ayırıyor. Arama motorları içerik derinliğini ve kapsamını ödüllendiriyor. Tek sayfa web sitesi SEO açısından bu kapsamı sunamıyor. Üçüncüsü: Dahili bağlantı yapısı. Blog'dan ürün sayfasına, SSS'den hizmet detayına giden dahili linkler, hem kullanıcı yolculuğunu kolaylaştırır hem de arama motorlarına site yapısını aktarır. Tek sayfada bu bağlantı ağı kurulmuyor. Ne zaman tek sayfa web sitesi mantıklı? Portfolyo, etkinlik sayfası, landing page gibi belirli ve sınırlı amaçlı projeler için tercih edilebilir. Bunlarda SEO ikincil öneme sahip olabiliyor. Ama kurumsal bir site, e-ticaret ya da içerik odaklı bir yapı için tek sayfa web sitesi SEO kısıtı, uzun vadede organik görünürlüğü ciddi biçimde düşürür.