prokaryot transkripsiyon mekanizması, ökaryot sistemlerine kıyasla daha az katmanlıdır ama işlevsel açıdan son derece nüanslıdır. RNA polimerazın promotora bağlanması, bu sürecin anahtar adımıdır ve bu adımı düzenleyen faktör, sigma (σ) alt birimidir. Bakteri RNA polimeraz holoenzimi beş alt birimden oluşur: α₂ββ'ω (çekirdek enzim) ve sigma. Sigma faktörü, çekirdek enzime promotor tanıma yeteneği kazandırır. σ olmadan RNA polimeraz DNA'ya rastgele bağlanır ama promotoru spesifik olarak tanıyamaz. Promotor yapısı bakteri sigma faktörlerine göre farklılaşmış iki temel motif içerir. σ70 (E. coli'nin esas sigma faktörü) için bu motifler transkripsiyon başlangıç noktasından (TSS) -35 ve -10 nukleotid yukarıda konuşlanır. Konsensüs dizileri sırasıyla TTGACA (-35) ve TATAAT (-10) dir. Gerçek promotorlardaki sapma, transkripsiyon gücünü doğrudan etkiler; konsensüse ne kadar yakınsa promotor o kadar güçlüdür. prokaryot transkripsiyon başlatma süreci şöyle işler: sigma faktörü önce -35 bölgesini tanır (kapalı kompleks). Sonra -10 bölgesinde DNA sargısı açılarak tek sarmal meydana gelir (açık kompleks). Bu aşamada RNA sentezi abortif olarak başlar: kısa (2-10 nükleotid) ürünler çok kez sentezlenip salıverilir. Sigma faktörü promotoru bırakarak promotor temizlenmesi tamamlandığında tam anlamıyla uzama başlar. Farklı sigma faktörleri, farklı gen setlerini aktive eder. σ32 ısı şoku genlerini, σ38 stres yanıt genlerini, σ54 azot metabolizması genlerini düzenler. Bu alternatif sigma faktörleri, hücrenin çevre koşullarına göre transkripsiyon programını hızla yeniden düzenlemesine olanak tanır. prokaryot transkripsiyon inhibisyonu açısından antibiyotikler önemli bir uygulama alanıdır. Rifampisin, RNA polimerazın β alt birimine bağlanarak RNA uzamasının erken aşamalarını bloke eder. Bu mekanizma ökaryot RNA polimerazı etkilemediğinden selektif antibiyotik aktivitesi sağlar.