Endemik orkide mikoriza ilişkisi, bitki dünyasının en özgün ve en zorunlu simbiyotik bağıdır. Diğer bitki gruplarında mikoriza faydalı ama vazgeçilebilir bir birliktelikken, orkidetokum ata zerresinde, çoğu türde, uygun mantar ortağı olmadan çimlenemez bile. Bu tam bağımlılık, endemik orkide popülasyonlarının habitat koşullarına ne denli hassas olduğunu anlamak için belirleyici bir çıkış noktasıdır. Endemik orkide mikoriza ilişkisinde rol üstlenen mantarlar ağırlıklı olarak Tulasnella, Ceratobasidium, Sebacina ve Rhizoctonia cinslerine mensuptur; bunların bir kısmı saprofit, bir kısmı hafif parazitik yaşam tarzına sahip Basidiomycota üyeleridir. Orkide bu mantarlarla ilk temas noktasında kontrolü mantar lehine bırakır gibi görünür: hif korteks hücrelerine girerek peloton adı verilen sarmal yapılar oluşturur. Daha sonra orkide hücresinin lizozomal aktivitesi pelotonu sindirerek karbonu geri alır. Bu ilişki genellikle ağırlıklı olarak bitki yönünde işleyen kontrollü parazitizm olarak nitelendirilir. Endemik türlerde mikoriza özgüllüğü, geniş yayılımlı akrabalarına kıyasla çoğunlukla daha dar kapsamlıdır. Dar özgüllük, bir türün yalnızca tek bir mantar cinsini ya da hatta tek bir mantar türünü kabul edebileceği anlamına gelir. Bu durum koruma biyolojisi açısından ciddi kısıtlar doğurur: endemik orkidenin bulunduğu alanda uygun mantar ortağının da var olması zorunludur. Uygun mantar varlığı ise toprak yapısı, nem, pH, organik madde içeriği ve komşu bitki topluluğuyla karmaşık biçimde bağlantılıdır. Molekül düzeyinde orkide-mantar sinyal alışverişi son yıllarda aydınlatılmaktadır. Mantar hücre duvarından salınan çözünebilir fraksiyonlar orkide tohumunun çimlenmesini tetikler; bu sinyaller içinde ergosterol türevleri ve lipokitooligosakkaridlerin rolü araştırılmaktadır. Orkide tarafında ise lectinler ve özgün savunma proteinleri mantarın belli bir evreye kadar tolere edilmesini, ardından sınırlandırılmasını sağlar. Endemik orkide mikoriza ilişkisini konu alan restorasyon çalışmaları, tohumun steril ortamda simbiyotik mantar ilavesiyle çimlendirilmesini içerir. Bu protokoller, uygun mantar izolatının seçiminde tür düzeyinde doğruluğun ne kadar kritik olduğunu göstermiştir; yanlış mantar izolatıyla yapılan aşılamalarda çimlenme gerçekleşmez ya da fide erken yaşamını kaybeder.
