Doğal boya sentetik boya çevre etkisi tartışması, basit görünen ama inceledikçe katmanlanan bir konu. Yüzeysel bakışta doğal kaynaktan elde edilen boyaların çevre için daha iyi olduğu sonucu çıkıyor. Ama üretim zincirinin tamamına bakıldığında bu yargı sorgulanır hale geliyor. Doğal boyalar; bitkisel (çivit, zerdeçal, ceviz kabuğu), hayvansal (koşnil) veya mineral (okr, ultramarin) kaynaklı olabiliyor. Bu boyaların üretim ayak izi düşük görünse de mordanlama süreci ciddi bir çevresel yük taşıyor. Mordanlama, boyanın lif veya yüzeye tutunmasını sağlayan kimyasal işlemdir. Alüminyum, demir veya bakır sülfat bazlı mordanlar su kaynaklarına karışma potansiyeli olan ağır metaller içeriyor. Kullanılan mordana göre doğal boyanın çevresel etkisi sentetik alternatiflere yaklaşabiliyor. Sentetik boyalarda tablo ise farklı bir yapıda. Petrokimya türevleri olan bu boyalar üretim aşamasında yüksek enerji tüketir. Buna karşın renk haslığı çok daha yüksek; bu da daha az boya ile daha uzun ömürlü renklendirme demek. Az miktarda kullanılan ürün, daha az atık anlamına gelebiliyor. Doğal boya sentetik boya çevre etkisi karşılaştırmasında bu parametre çoğu zaman göz ardı ediliyor. Su tüketimi açısından ikisi arasındaki fark da anlamlı. Bitkisel boya üretimi genellikle uzun kaynatma ve bol su gerektiriyor. Sentetik boyalar bu aşamada daha verimli ama atık su arıtma maliyeti çok daha yüksek çünkü içerdikleri bileşikler biyobozunur değil. Dayanıklılık ve yeniden işleme meselesine gelindiğinde sentetik boyaların üstünlüğü öne çıkıyor. Tekstil sektöründe doğal boyalı ürünlerin güneş ve yıkamaya dayanıklılığı sentetik olanlara kıyasla daha düşük. Bu durum daha sık boyama ya da daha erken ürün değişimini beraberinde getiriyor ki bu da kümülatif çevresel yükü artırıyor. Mimari ve iç mekân boyalarında tablo biraz daha net. Biyobazlı ve düşük VOC (uçucu organik bileşik) içerikli boyalar kapalı mekân hava kalitesini koruyor. Bu açıdan bakıldığında gerçek anlamda çevre dostu seçenek, salt "doğal" etiketiyle değil, üretimden kullanıma tüm zincirin incelenmesiyle belirlenebiliyor. Doğal boya sentetik boya çevre etkisi sorusunun tek bir cevabı yok. Kullanım alanı, üretim koşulları ve mordanlama tercihlerine bağlı olarak dengeler değişiyor.