Akordeon, kompleks bir mekanik yapıya sahip nadir enstrümanlardan biridir. İçinde yüzlerce küçük metal dil (reed), körük, tuş mekanizması ve hava kanalları barındıran bu çalgının sağlıklı çalışması düzenli bakıma bağlıdır. Akordeon bakımı ile ilgilenenler için birkaç temel nokta oldukça işlevsel olabilir. Akordeon bakımının en temel adımı, çalgıyı her kullanımdan sonra temizce silmek ve muhafazasına kaldırmaktır. Deri ya da vinil kapak ile tüm yüzeyleri hafifçe silmek, toz ve parmak yağlarının birikmesini önler. Körük bölgesi özellikle dikkat ister; kat yerlerinde toz birikmesi körüğün esnekliğini zamanla azaltabilir. Tuşlar üzerindeki görünür kirleri temizlemek için hafif nemlendirilmiş bir bez kullanılabilir; ancak aşırı nem metal parçalara zarar verebilir. Tuşların altındaki mekanizmalara herhangi bir sıvı ya da yağ kaçmaması için dikkatli olunmalıdır. Akordeon bakımında saklama koşulları da büyük önem taşır. Çalgı ne çok nemli ne de çok kuru bir ortamda bırakılmamalıdır. Yüksek nem körüğü ve metal parçaları olumsuz etkilerken aşırı kuraklık körüğün çatlamasına yol açabilir. Oda sıcaklığında, sabit nem koşullarında (yüzde 40-60 bağıl nem) saklamak idealdir. Zaman zaman körük içinin havalandırılması önerilir: kapaklar açık bırakılarak kısa süreli havalandırma, içerideki nemi dengeler. Ancak bu süreyi aşmamak ve çalgıyı dik konumda tutmak gerekir. Akordeon bakımında derin temizlik ya da reed (dil) değişimi gibi müdahaleler mutlaka bir teknisyene bırakılmalıdır. Enstrümanın içini kendiniz açmak, kalıcı hasara yol açabilir.