Spesiasyon türleri arasındaki en temel ayrım, coğrafi izolasyonun rolüne dayanır. Allopatrik spesiasyon, popülasyonların fiziksel bir bariyer, dağ silsilesi, deniz, iklim kuşağı, tarafından ayrılmasıyla başlar. Sempatrik spesiasyon ise coğrafi ayrılma olmaksızın, aynı bölgede yaşayan bireyler arasında üreme izolasyonunun evrimleşmesiyle gerçekleşir. Bu iki yol, spesiasyon türleri literatüründe evrimsel süreçlerin farklı koşullarda nasıl işlediğini anlamak açısından temel referans noktalarıdır. Allopatrik spesiasyonda süreç görece anlaşılırdır: coğrafi bariyer gen akışını keser, iki popülasyon birbirinden bağımsız genetik değişim biriktirir, mutasyon, seçilim, genetik sürüklenme, ve yeterli genetik farklılaşmadan sonra tekrar buluştuklarında çiftleşemez ya da verimli döl üretemez hale gelirler. Bariyer kaldırıldığında üreme izolasyonunun ne kadar güçlü olduğu, spesiasyonun tamamlanıp tamamlanmadığını belirler. Spesiasyon türleri içinde bu model en iyi desteklenen ve gözlem açısından en kolay test edilebilen modeldir. Sempatrik spesiasyon ise teorik açıdan daha tartışmalıdır. Coğrafi bariyer olmaksızın nasıl üreme izolasyonu evrimleşebilir? Burada iki ana mekanizma öne çıkar. Birincisi, ekolojik ayrışmayı izleyen assortative mating: farklı kaynak tiplerine adapte olan bireyler eğer kendi ekolojik nişlerine adapte bireyleri tercih ederse, zamanla genetik farklılaşma birikebilir. Phytophaga böceklerinde konakçı bitki tercihi bu mekanizmanın önemli bir örneğini sunar. İkincisi, poliploidizasyon ile spesiasyon türleri: bir hibritin kromozom kümesini iki katlaması, allopoliploidi, ebeveyn türlerden üreme açısından anında izole edilmiş yeni bir tür yaratır. Bitkilerde spesiasyonun büyük bir kısmı bu mekanizma aracılığıyla gerçekleşmiştir; pek çok tarım bitkisi poliploidi kökenlidir. Genetik düzlemde, allopatrik ve sempatrik spesiasyon arasındaki fark izolasyonun coğrafi mi yoksa ekolojik mi olduğundan kaynaklanır; ancak her iki süreçte de üreme izolasyonunu pekiştiren mekanizmalar, prezigotik ve postzigotik bariyerler, benzerdir. Spesiasyon türleri araştırmalarında güncel yaklaşım, genomik verilerle filocoğrafyayı birleştirerek hangi bölgelerin izolasyon sonrası farklılaşmada seçilim altında olduğunu tespit etmektir.