Mozaik fugue uygulama süreci, bir çalışmanın son halini belirleyen kritik aşamalardan biridir. Yanlış uygulandığında mozaiğin görsel etkisini zayıflatır; doğru yapıldığında ise taşları bütünleştirir ve son derece hoş bir görünüm kazandırır. Mozaik fugue uygulama işlemine geçmeden önce yapıştırıcının tam olarak kurumuş olması gerekir. Bu süre genellikle 24-48 saattir ve atlamamak gerekir. Yarı kuru yapıştırıcı üzerine fugue uygulandığında taşlar yer değiştirebilir ya da fugue ile birleşir. Fugue (derz dolgu harcı) hazırlanırken üretici talimatlarına uygun su/toz oranı kullanılmalıdır. Çok sıvı fugue taşların üzerine yapışır ve temizlenmesi güçleşir; çok katı ise boşluklara girmez. Kıvam krema ile puding arası bir yoğunlukta olmalıdır. Mozaik fugue uygulama için plastik ya da lastik ispirto kullanılır. Fugue çakma hareketleriyle sürülür ve özellikle taşlar arasındaki tüm boşlukların doldurulmasına dikkat edilir. Fazla fugue ispirto hareketiyle kenara itilir. Uygulamadan 10-20 dakika sonra yüzey hafifçe kurumaya başlar. Bu noktada nemli sünger ile mozaik yüzeyi dairesel hareketlerle silinir. İlk geçişte tüm iz kalkmaz; 2-3 tekrar gerekebilir. Tam kuruma öncesi (genellikle 30-60 dakika içinde) temizlik yapılmazsa fugue taş yüzeyinde taş gibi sertleşir ve kazıma gerekir. Fugue rengi de mozaik fugue uygulama kararının bir parçasıdır. Açık fugue rengi taşları parlak gösterir; koyu fugue kontrast yaratır ve deseni vurgular. Tercih estetik değerlendirmeye bağlıdır ancak seçim yapılmadan önce küçük bir köşede denemek her zaman önerilir.