Kortizol, hipotalamus-hipofiz-adrenal (HPA) ekseninin aktivasyonuyla salınan glukokortikoid bir hormondur ve köpeklerde stres yanıtının fizyolojik ölçütü olarak yaygın biçimde kullanılır. Köpeklerde kortizol düzeyinin davranışsal göstergelerle ilişkisi, hem klinik veteriner hem de davranış bilimi açısından anlamlı bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Köpeklerde kortizol ölçümü kan serumu, tükürük, idrar ve dışkı örnekleri üzerinden gerçekleştirilebilir. Kan örneklemesi anlık kortizol değerini yansıtırken, dışkı kortizolü saatler içinde biriken ve daha bütüncül bir stres tablosu sunan bir gösterge olarak öne çıkar. Tükürük kortizolü ise invaziv olmayan doğasıyla saha araştırmalarında tercih edilen yöntemdir; ancak örnekleme koşulları (ağız içi kontaminasyon, gıda alımı zamanlaması) dikkate alınmadan değerlendirme güvenilirliği tartışmalı kalır. Davranışsal göstergeler bağlamında köpeklerde kortizol yükselmesiyle ilişkilendirilen klasik belirtiler şunlardır: yalama, sallama, esneme, gözlerden kaçınma, vücut postürünü küçültme, titreme ve saldırgan tepkiler. Ancak bu belirtilerin kortizol düzeyiyle doğrusal bir ilişki içinde olmadığını vurgulamak gerekir. Cortisol dissociation (kortizol ayrışması) olarak adlandırılan fenomende, yüksek kortizol değerleri görünürde sakin bir köpekte de gözlemlenebilir. Bu durum, kronik stres altındaki köpeklerin davranışsal inhibisyon geliştirdiğinin ve adaptasyonun fizyolojiyi maskelediğinin kanıtıdır. Köpeklerde kortizol reaktivitesi, bireysel ve ırk farklılıklarıyla da şekillenir. Çalışma ırklarının (örn. Alman Çobanı, Belçika Malinois) bazal kortizol değerleri ve HPA ekseni reaktivitesi, konfor odaklı ırklara göre farklılık gösterebilir. Aynı zamanda sosyalleşme geçmişi, erken yaşam stresörleri ve öğrenme geçmişi, köpeğin kortizol reaktivite eşiğini kalıcı biçimde değiştirebilir. Klinik pratikte köpeklerde kortizol ölçümü, davranış sorunlarının değerlendirilmesinde bütünsel bir stres profili çizmek için kullanılır. Yalnızca davranışsal gözleme dayanan tanımlamalar, fizyolojik doğrulama olmaksızın eksik kalır. Akut ve kronik stres arasındaki ayrımın yapılabilmesi, ki ikincisi uzun dönemde bağışıklık baskılanması ve kognitif gerilemeyle ilişkilidir, bu ölçümlerin rutin değerlendirmeye dahil edilmesini gerektirmektedir.