Karstik akifer kirletici taşınım süreçleri, granüler ya da çatlaklı ortamlara kıyasla çok daha karmaşık bir hidrodinamiğe sahiptir. Karbonatlı kayaçların çözünmesiyle oluşan kondüit ağlar, difüz matrikse kıyasla on binlerce kat daha yüksek hidrolik iletkenliğe ulaşabilir. Bu ikilik (duality), modelleme ve kaynak koruma zonu belirleme yaklaşımlarını kökten farklılaştırır. Darcy akışına dayanan geleneksel akifer modellemeleri karstik sistemlerde yetersiz kalır. Kondüit akışı Reynolds sayısı >2000 olan türbülanslı rejimde gerçekleşir; Darcy yasası türbülanslı akışta geçerliliğini yitirir. Bu nedenle karstik akifer kirletici taşınım modellemesinde kondüit-matris çift poroz ortam yaklaşımları (CFPM, MODFLOW-CFP) ya da ayrık kondüit şebeke modelleri (SWMM tabanlı uyarlamalar) tercih edilir. Akifer karakterizasyonu için tracer deneyleri en doğrudan yöntemi sunar. Florescent boyalar (uranin, eozin) ile yürütülen izleme çalışmaları ortalama akış hızını, birincil ve ikincil kondüit geçişlerini ve taşınım dağılımını ölçer. Flaşma (breakthrough) eğrisinin kuyruğu, matrikse difüzyon ve yeniden mobilizasyon mekanizmalarını yansıtır. Asimetrik breakthrough eğrisi, yüksek kontrast geçirgenliğe işaret eder. Kirletici taşınım kapasitesi açısından karstik akifer sistemleri özellikle tehlikelidir. Nitrat, pestisit ve koliform bakteriler kondüit ağında hızla ilerler; klasik toprak filtrasyon etkinliği ortadan kalkar. Batı Toros karst alanlarında yapılan çalışmalar, kaynak beslenim noktasından çıkış noktasına ulaşım süresinin saatlerle ölçüldüğünü ortaya koymuştur. Kaynak koruma zonu belirleme metodolojisinde COST 620 protokolü geniş kabul görmektedir. Bu çerçeve; kirletici yük değerlendirmesi, akifer savunmasızlık haritalaması ve kaynak korunabilirlik analizini birleştirir. Savunmasızlık parametreleri arasında örtü tabakası litolojisi, akış türü (kondüit/difüz oranı) ve çözünürlük yoğunluğu yer alır. Coğrafi bilgi sistemleri (CBS) tabanlı savunmasızlık haritalama araçları, EPIK, KARSTIC, bu verileri mekansal olarak sentezler ve birinci, ikinci, üçüncü koruma bölgelerini sınırlar.