Hidroelektrik çevre etkisi tartışıldığında çoğu zaman iki taraf beliriyor: "neredeyse sıfır emisyon" diyenler ve barajların yarattığı ekolojik tahribatı öne çıkaranlar. Gerçek, bu iki kutbun arasında ama tam ortasında değil. Hidroelektriğin işletme sürecinde karbondioksit emisyonu gerçekten düşük. Bununla birlikte, bu düşük emisyon rakamı barajın inşaat aşamasını, rezervuar altında kalan orman ve bataklık alanlardan salınan sera gazlarını ve bölgenin uzun vadeli ekolojik bozulmasını hesaba katmıyor. Hidroelektrik çevre etkisi açısından en az konuşulan boyut, rezervuarlardaki metan üretimidir. Su altında kalan bitki örtüsü ve organik madde anaerobik koşullarda çürür, bu süreçte karbondioksitten çok daha güçlü bir sera gazı olan metan açığa çıkar. Tropik bölgelerdeki bazı barajların, bir kömür santralinin birim enerji başına ürettiğinden fazla metan yaydığına ilişkin bulgular yayımlandı. Bu araştırmalar ana akım enerji tartışmalarında yeterince yer bulmadı. Baliklarla ilişki ise ayrı bir başlık oluşturuyor. Göç eden balık türleri için barajlar fiziksel bir bariyer işlevi görür. Balık geçiş yapıları kısmen etkili olabilir; ama bu yapılar için harcanan mühendislik kaynağı, sorunun büyüklüğüyle orantılı değil. Nehir boyunca birden fazla baraj dizildiğinde balık geçişi pratikte imkânsız hale geliyor. Su sıcaklığı değişimi de göz ardı edilen bir etkidir. Büyük rezervuarların yüzey suyu farklı sıcaklıklarda değişen tabakalara ayrılır; bu tabaka yapısı aşağı havzaya salınan suyun ısısını ve oksijen içeriğini doğal akıştan önemli ölçüde farklılaştırır. Aşağı havzadaki ekosistem bu değişime uyum sağlamakta güçlük çeker. Hidroelektrik çevre etkisi meselesi, enerji politikasında basit bir ikilik içinde değerlendirilmemelidir. Her projenin coğrafi koşulları, havzanın ekolojik zenginliği ve alternatif enerji seçenekleriyle bütünleşik bir değerlendirmesi yapılmalı. "Temiz enerji" etiketini körü körüne uygulamak, gerçek çevresel maliyetleri görünmez kılar.