Çoruh nehri Salmonidae filocoğrafyası, Türkiye'nin en özgün biyocoğrafik kesişim noktalarından birini inceliyor. Çoruh, Gürcistan üzerinden Karadeniz'e dökülen ve yüksek rakım farklılıklarıyla belirgin termal gradyanlar oluşturan bir havza sistemi. Bu özellikler Salmonidae için hem bariyer hem de refugial habitat işlevi görüyor. Filocoğrafi analiz, mitokondriyal gen bölgeleri (özellikle cyt-b ve ND5) ile mikrosatellit lokuslara dayanıyor. İki yaklaşım birbirini tamamlıyor: mitokondriyal belirteçler maternal soy hatlarını, mikrosatellitler ise daha yakın geçmişteki gen akışı örüntülerini yansıtıyor. Çoruh havzasında yayılım gösteren Salmo cinsi bireyleri, filocoğrafik açıdan ayrı kümeler oluşturuyor. Havzanın farklı kolları, özellikle Ardahan yaylasından inen kollar ile daha aşağı rakımda seyreden kollar, genetik açıdan belirgin biçimde birbirinden ayrılıyor. Bu ayrışma, Kuaterner buz çağı dönemlerinde havzanın kısmi olarak izole refugia barındırdığını düşündürüyor. Çoruh nehri Salmonidae filocoğrafyası araştırmacılarını zorlayan başlıca konu taksonomik belirsizlik. Salmo trutta kompleksinin Anadolu popülasyonları uzun süredir tartışmalı; morfolojik çeşitlilik moleküler verilerle her zaman örtüşmüyor. Bazı çalışmalar Çoruh havzasından izole edilen bireylerin Salmo coruhensis olarak adlandırılan endemik bir takson oluşturabileceğini ileri sürüyor. Filocoğrafik yapıyı kısmen bozan iki etken var: balıkçılık amaçlı yeniden stoklamalar ve hidroelektrik barajların havza parçalanması üzerindeki etkisi. Yeniden stoklama programları genetik kirlilik (genetic introgression) riski taşıyor; içmeden izole edilmiş popülasyonlara ekzotik veya non-yerel soy hatları karışabiliyor. Bu durum filocoğrafi yorumu güçleştiriyor çünkü elde edilen genetik yapı kısmen antropojenik kaynaklı. Baraj inşaatları ise gen akışını mekansal olarak kesen bariyer etkisi yaratıyor. Uzun vadede bu engeller, alt ve üst havza popülasyonlarının genetik açıdan birbirinden uzaklaşmasına yol açıyor. Çoruh havzasının orta bölümünde yoğunlaşan barajlar, gen akışı koridorlarını kesintiye uğrattı; bu etki popülasyon genetiği izleme programlarında açıkça izlenebilir. Araştırmaların uygulama boyutu koruma genetiği. Çoruh nehri Salmonidae filocoğrafi verileri, yönetim birimi tanımını (evolutionarily significant unit, ESU) destekliyor. ESU tanımlaması hangi popülasyon segmentinin ayrı korunması gerektiğini, stok desteği yapılacaksa hangi kaynak popülasyonun kullanılması gerektiğini belirliyor. Bu bilgisiz yürütülen her yeniden stoklama programı genetik çeşitliliği korumak yerine erodebiliyor.