Uzun süre "işe yaramaz DNA" olarak nitelendirilen bu bölgeler aslında son derece aktif ve işlevlidir. Kodlamayan DNA, protein üretimi için doğrudan şablon sağlamaz; ama genin ne zaman, nerede ve ne kadar çalışacağını belirleyen düzenleyici bölgeler bu kısımda yer alır. Kodlamayan DNA'nın işlevlerini birkaç kategoride toplamak mümkündür: Düzenleyici bölgeler: Genlerin açılıp kapanmasını kontrol eder. Promotörler ve güçlendiriciler (enhancer) bu kategoridedir. Bir gen fiziksel olarak bulunsa bile bu bölgeler olmadan sessiz kalır. RNA genleri: Bazı kodlamayan DNA bölgeleri protein değil, işlevsel RNA molekülleri üretir. Mikro-RNA ve uzun kodlamayan RNA'lar hücre içi iletişimi ve gen ifadesini düzenler. Yapısal işlevler: Telomerler ve sentromerler gibi bölgeler kromozomların fiziksel bütünlüğünü korur. Bunlar olmadan hücre bölünmesi düzgün gerçekleşemez. Evolüsyonel kalıntılar: Bir kısmı geçmişte aktif olan ama artık işlev görmeyen "fossil gen" kalıntılarıdır. Yine de bu bölgeler bazı durumlarda yeniden aktive olabilir. Uluslararası ENCODE projesi, kodlamayan DNA'nın büyük bölümünün biyokimyasal olarak aktif olduğunu ortaya koydu. Bu veriler, "işe yaramaz DNA" kavramının yanlış olduğunu net biçimde gösterdi. Kodlamayan DNA, genomun sessiz dolgu maddesi değil; orkestranın notaları gibi, genlerin ne zaman çalınacağını belirleyen bir düzenleme sistemidir.
