Arşiv fon tasnif sistemi, tarih araştırmacısının arşiv ortamında doğru belgeye ulaşabilmesinin metodolojik altyapısını oluşturur. Bu sistemi kavramadan yürütülen arşiv araştırması, hayatta kalabilse de verimsiz ve rastlantıya bağımlı bir süreç hâline gelir. Arşiv fon tasnif sisteminin temel kavramı fondur. Fon, aynı üretici, kurum, kişi ya da aile, tarafından üretilmiş belgelerden oluşan organik bir bütündür. Provenans (provenance) ilkesi arşivistlik pratiğinin temel kuralıdır: farklı kaynaklardan gelen belgeler birbirine karıştırılmamalı, her belge grubunun orijinal üreticisiyle bağlantısı korunmalıdır. Türkiye Cumhurbaşkanlığı Devlet Arşivleri'nde arşiv fon tasnif sistemi Osmanlı ve Cumhuriyet arşivleri için ayrı kümeler içinde örgütlenmiştir. Osmanlı Arşivi'nde devlet kurumlarına göre düzenlenmiş fonlar, Bab-ı Asafi, Hariciye Nezareti, Maliye Nezareti, vb., birbirinden ayrılmıştır; her fon içinde dosya ve gömlek birimlerine erişim katalog sistemi üzerinden sağlanır. Arşiv fon tasnif sisteminde seri ve alt seri kavramları birbirini izler. Bir fon birden fazla seriye, her seri alt serilere ve alt seriler tek tek dosyalara ayrılır. Hiyerarşik bu yapı, araştırmacının aranan konuyla ilgili üst birimi doğru tespit etmesiyle yararlanılabilecek belge kitlesini sistematik biçimde daraltmasına zemin hazırlar. Kataloğun okunması arşiv fon tasnif sistemi araştırmasının pratik boyutunu tanımlar. Katalog kayıtlarında fon numarası, seri kodu, dosya numarası ve içerik tanımı standart bileşenlerdir. Osmanlıca metin içeren fonlarda transliterasyon ve dönem imlasına ilişkin ön bilgi, katalog okuma başarısını doğrudan etkiler. Elektronik kataloglara geçiş Türk arşivlerinde ilerlemekte; ancak belirli fonlar hâlâ el yazması kataloglarla erişilebilir durumdadır.