Doğal seçilim genoma yazılır. Bir mutasyon yüksek seçilim baskısı altında hızla yayılırsa komşu genomik bölgeler de bu süpürme dalgasına kapılır (selective sweep). Bu iz, pozitif doğal seçilim genetik imza olarak milyonlarca yıl sonra dahi tespit edilebilir halde kalır. Selective sweep'in genetik mekanizması şudur: faydalı bir mutasyon ortaya çıktığında başlangıçta tek bir haplotipin üzerindedir. Mutasyon seçilim avantajı nedeniyle popülasyonda yayılırken komşu alleller de aynı haplotiple birlikte sürüklenir (hitchhiking). Bu süreç, süpürme bölgesinde genetik çeşitliliği (polimorfizmi) dramatik biçimde azaltır. Genetik imzanın saptanması için kullanılan başlıca yöntemler: 1. Tajima's D istatistiği: Nükleotid çeşitliliğini iki farklı tahmin yöntemiyle hesaplar ve aralarındaki farkı ölçer. Negatif D değeri, düşük frekanslı allellerin fazlalığını işaret eder; bu durum son yaşanmış seçilim süpürmesiyle uyumludur. 2. Fst (fixation index): İki popülasyon arasındaki allel frekans farklılaşmasını ölçer. Yüksek Fst bölgeler, ayrışma (divergent) seçilimin parmak izini taşır. 3. iHS (integrated haplotype score) ve XP-EHH: Uzun haplotipler, seçilim süpürmesinin henüz tamamlanmadığı bölgeleri işaret eder. Haplotipin homozigot uzunluğu (EHH) normalden uzunsa seçilim baskısı altındaki bir bölge söz konusu olabilir. 4. McDonald-Kreitman testi: Kodlama bölgelerindeki eş anlamlı (synonymous) ve eş anlamsız (nonsynonymous) değişimlerin sabit/polimorfik oranlarını karşılaştırır. Eş anlamsız sabit değişimlerin orantısız fazlalığı, pozitif doğal seçilim genetik imza olarak yorumlanır. Bu yöntemlerin sınırlaması gözardı edilmemelidir: demografik olaylar (populasyon darboğazı, göç) de benzer genomik izler bırakabilir. Pozitif seçilim yorumu, demografik nötr modelle istatistiksel karşılaştırma yapılmadan kesinleştirilemez.