Kapasite geliştirme kurumsallaşma ilişkisi, sivil toplum alanındaki müdahalelerin uzun vadeli etkisini belirleyen yapısal bir faktördür. Bireysel beceri transferi odaklı klasik eğitim modellerinin aksine kurumsal kapasite yaklaşımı, örgütsel rutinleri, karar alma süreçlerini ve bilgi yönetim sistemlerini değişim hedefi olarak tanımlar. Kapasite geliştirme kurumsallaşma değerlendirmesi, müdahale sonrası kazanımların kurumda ne ölçüde yerleştiğini analiz eder. Yerleşme (embeddedness) kavramı üç kriterde operasyonelleştirilir: rutinleşme (süreçlerin yazılı prosedüre dönüşmesi), dağılma (bilgi ya da pratiğin tek bireye bağlı olmaktan çıkması) ve sürdürülebilirlik (dış finansman ya da teknik destek olmaksızın pratiğin devam etmesi). Bu üç kriterin üçü birlikte sağlandığında gerçek kurumsallaşmadan söz edilebilir. Kapasite geliştirme kurumsallaşma sürecinin en yaygın başarısızlık biçimi, bireysel kapasite gelişiminin örgütsel altyapıyla buluşamamasıdır. Eğitim alan bireyin kurumdan ayrılmasıyla birlikte aktarılan bilginin de ortadan kalkması, sıklıkla gözlemlenen bir örüntüdür, bu sorunun en açık göstergesidir. Çözüm, müdahale tasarımının bireysel öğrenme çıktılarını sistemik prosedürlere bağlayan mekanizmaları baştan içermesini gerektirir. Değerlendirme metodolojisi açısından kurumsallaşmayı ölçmek, katılım sayısı ya da eğitim saati gibi süreç göstergelerinin çok ötesine geçmeyi zorunlu kılar. Örgütsel kapasite ölçütleri; politika belgelerinin içselleştirilme düzeyi, raporlama sistemlerinin gerçek kullanım sıklığı ve liderlik dışı personelin karar otorite kapasitesi gibi davranışsal göstergelerle değerlendirilir.